1、在反渗透脱盐系统中，膜的选择透过性，使水分子不断从高压侧透过膜，而溶质分子还在原溶液中。产生浓度差这种现象叫浓差极化。使料液渗透压增大，推动力减小，造成透水速度和脱盐率下降;
2、无机盐结构因浓缩超过溶度积而分析出还停留在膜表面上和水通道内形成水垢;
3、吸附性污染产量下降压差上升;
4、对于反渗透系统，由于设计的不合理制药纯水设备，装填膜的膜壳内有大量的空气由于空气具有可压缩性，且瞬间不能排尽;当受到压力时就会突然爆破释放。引起撞击产生“水锤”现象造成元件损伤;
5、要经常去冲洗还要洗干净。别让膜受到污染;膜的水解、有机溶剂及氧化性物质侵蚀等也会造成膜材料的本质改变。
膜的清洗：
1、负压清洗：负压清洗可以说是通过设备的真空抽吸，在反渗透膜侧面形成的压力，这样可以有效的去除膜表面以及内部的污然物;
2、反冲：反冲是利用强力的气体或者液体对膜的表面进行清洗，从而达到清理膜内部的污染物，让膜恢复干净，制药纯水设备反冲目前是清洗反渗透膜较为常用的一种方式之一;
3、化学清洗：化学清洗的方法是使用化学清洗剂对反渗透膜进行清洗，由于是化学物有针对性的清洗同样能够有效的对膜进行清洗，这种方式也是人们常用的清洗方式之一。
